ABINIT-MP: Ab initio Fragment MO Method Program

非経験的フラグメント分子軌道(ab initio FMO)法プログラム ABINIT-MP のホームページです。

更新中・・・

ABINIT-MPの開発については、
  1. 産業技術総合研究所 先端情報計算センター (TACC) 平成12年度高性能計算機利用促進課題 「分子シミュレーション手法の開発に関する研究」(2000年度)
  2. 情報処理振興事業協会(IPA) 平成13年度未踏ソフトウェア創造事業 「フラグメント分割法に基づいた並列分子計算プログラムの開発」(2001年度)
  3. 科学技術振興事業団 平成13年度計算科学技術活用型特定研究開発推進事業(ACT-JST) 「DNAのナノ領域ダイナミクスの第一原理的解析」(2001〜2004年度)
  4. 文部科学省 ITプログラム 「戦略的基盤ソフトウェアの開発」(2002〜2004年度)
による支援を受けました。現在は、
  1. 文部科学省 次世代IT基盤構築のための研究開発 「革新的シミュレーションソフトウェアの研究開発」(2005〜2007年度)
  2. 科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業(CREST) シミュレーション技術の革新と実用化基盤の構築 「フラグメント分子軌道法による生体分子計算システムの開発」(2004〜2009年度)
による支援を受けて、開発を行っています。
[国立医薬品食品衛生研究所]

更新情報 [2010.11.04] [更新履歴]

フラグメント分子軌道法 参考文献

  1. Pair interaction molecular orbital Method: an approximate computational method for molecular interactions; K. Kitaura, T. Sawai, T. Asada, T. Nakano, M. Uebayasi, Chem. Phys. Lett. 312 (1999) 319-324.
  2. Fragment molecular orbital method: an approximate computational method for large molecules; K. Kitaura, E. Ikeo, T. Asada, T. Nakano, M. Uebayasi, Chem. Phys. Lett. 313 (1999) 701-706.
  3. Fragment molecular orbital method: application to polypepties; T. Nakano, T. Kaminuma, T. Sato, Y. Akiyama, M. Uebayasi, K. Kitaura, Chem. Phys. Lett. 318 (2000) 614-618.
  4. Fragment molecular orbital method: analytical energy gradients; K. Kitaura, S. Sugiki, T. Nakano, Y. Komeiji, M. Uebayasi, Chem. Phys. Lett. 336 (2001) 163-170.
  5. Fragment molecular orbital method: use of approximate electrostatic potential; T. Nakano, T. Kaminuma, T. Sato, K. Fukuzawa, Y. Akiyama, M. Uebayasi, K. Kitaura, Chem. Phys. Lett. 351 (2002) 475-480.
  6. Ab initio ペア近似法による並列分子軌道計算プログラムABINIT-MPの作成と性能評価; 佐藤智之, 秋山泰, 中野達也, 上林正巳, 北浦和夫, 情報処理学会論文誌:ハイパフォーマンスコンピューティングシステム, 41 (2000), 104-112.
  7. タンパク質の第一原理電子状態計算 −生体化学反応の理論的解析を目指して−; 中野達也, 高島一, 長嶋雲兵, シミュレーション, 19 (2000), 271-281.
  8. Fragment MO法 −巨大分子・分子系計算のための計算法−; 北浦和夫,JCPE J. 13 (2001), 3-12.
  9. フラグメント分子軌道法プログラムABINIT-MPにおける2電子積分ルーチンの高速化ならびに並列化と性能評価; 稲富雄一, 中野達也, 北浦和夫, 長嶋雲兵, 情報処理学会論文誌:ハイパフォーマンスコンピューティングシステム, 42 (2001), 28-35.
  10. 産総研など 蛋白の電子状態計算法を開発, リガンド探索に有効; 日経バイオテク 2001.7.16

関連ページへのリンク

ソフトウェアへのリンク